Depois de se pegar com os lutadores da Capcom, os heróis da Marvel se preparam para um novo confronto com personagens de outra empresa. Em uma parceria com a Electronic Arts, a gigante dos quadrinhos empresta heróis clássicos como Wolverine, Homem-Aranha, Coisa e Elektra para quebrar um pau com novos personagens criados especialmente para o jogo e uma história em quadrinhos de edição limitada.

Enquanto a HQ conta a história de um cientista vindo do espaço sideral, Niles Van Roekel, que cria os Imperfects - um novo grupo de seres super-poderosos que promete acabar com a paz dos famosos guerreiros da Marvel.

O resultado é uma série de lutas para nenhum fã botar defeito. Além de contar com recriações dos personagens clássicos, jogadores terão ambientes destrutíveis ao seu redor para abusar dos poderes específicos de cada herói.